В основу учебной программы начальной 399 школы заложены классические традиции российского образования.

Педагогический состав начальной школы  - учителя первой и высшей категорий. Среди них – отличники народного образования и почетные работники просвещения. Педагоги начальной школы являются авторами пособий, методических разработок и изданных брошюр, которые активно применяются во время обучения.

Благодаря современным технологиям  и надлежащей организации учебного процесса в начальной школе дети не подвержены перегрузкам и утомляются меньше.При этом 85% учеников начальной школы – «отличники» и «хорошисты».Учащиеся начальной школы не один раз были призерами городских и окружных олимпиад и конкурсов.

С самого первого класса дети ежедневно изучают английский язык и изучают информатику. Гармоничному развитию детей способствуют и занятия по интересам во второй половине дня.Учащиеся занимаются в театральной и хоровой студии, в изостудии, посещают занятия по хореографии, а также кружок «Умелые руки», в котором с удовольствием занимаются лепкой, аппликацией, вышивкой.

Ученики начальной школы каждый месяц ходят в театры, музеи, выезжают на экскурсии. В школе традиционно проводятся дни здоровья, а родители, ученики и педагоги участвуют в командных играх и соревнованиях.

Родители, отправив ребенка на обучение в начальную школу, могут прийти в любое время и понаблюдать за процессом обучения своего ребенка, за отношением к нему учителей и преподавателей.

Двери начальной школы всегда открыты для детей и их родителей.